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收復玉龍國、打敗天地盟主之后，神兵小將們繼續過著和平的生活。

可好景不長，黑暗的勢力一刻都沒有停止他們的野心，元始天魔把琉璃國的國王變成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且開始了對玉島國（玉龍國的姊妹國）進行了侵略。

玉島國元首玉燕的首席侍衛宗主的女兒靈劍雙子奉命駕駛女媧星船到玉龍國接南宮逸去支援，沒想到南宮逸不在家，反而把問天、問雅、小龍和天晶獸接了過來，玉龍國元首知道了這件事，馬上用水晶球通知其他的神兵小將到玉島國幫助問天，一場正邪大戰又開始了......